企业没有与员工签劳动合同而支付的赔偿款，是否有代扣代缴个人所得税的义务？法院判决说：不需要！
【案件详情】
丝科公司以法人另一家公司的名义与一名员工签订劳动合同，后双方因辞退一事存在争议，提起诉讼。最终判决丝科公司与该员工不构成劳动合同关系，丝科公司应作出以下赔偿：
√ 双倍工资赔偿差额：丝科公司与该员工未签订劳动合同，违法用工，应加付赔偿1倍的工资19089.66元；
√ 解除劳动合同经济补偿金：经调查属于双方协商一致辞退，丝科公司应依法支付解除劳动关系补偿4000元；
√ 加班工资：对该员工延长加班、休息日加班、节假日加班分别支付1.5倍、2倍、3倍的工资。
复议审查期间，税局就丝科公司支付给员工的上述赔偿是否需要代扣缴个税作出回复：双倍工资赔偿差额不属于个人所得税征税范围，不需要代扣代缴个税；解除劳动合同经济补偿金、加班工资属于任职期间的工资薪金所得，应代扣代缴个税。
【理道分析】
1. 未签订合同，赔偿部分要不要代扣代缴个税？
未签订劳动合同给予赔偿的，不需要由支付单位代扣代缴个税。
首先，根据《劳动合同法》的规定，用人单位与员工未签订书面劳动合同的，应向员工每月支付2倍的工资。
其次，员工取得双倍工资赔偿，不需要缴纳个人所得税。双倍工资差额，并非是员工因任职受雇取得的劳动所得，也不属于个人所得税法列举的个人所得税征税范围，而是对用人单位不履行法定义务的处罚，带有惩罚性质，即使受益方是员工，也不改变罚款性质，不需要征收个人所得税。
2. 支付的解除劳动合同经济补偿金，个税如何代扣代缴？
丝科公司支付的解除劳动合同经济补偿金，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表计算缴纳个税。
虽然丝科公司与该员工没有签订劳动合同，但《劳动合同法》对用人单位支付解除劳动合同的补偿金，并未把签订劳动合同作为取得赔偿的要件。因此未签订劳动合同，取得解除劳动合同的经济补偿金，也适用上述税收优惠政策。
3. 企业补发以往月份的工资，要怎么处理？如果补发的是以前年度的呢？
目前个税实行累计预扣预缴制度，因此补发2019年1月1号开始累计应发放的工资，在实际发放时缴纳个人所得税即可。
但如果补发的是2019年之前的工资，各地税务操作有差异：
比如江苏省税局答复，不管会计上如何处理，补发的工资都在实际发放时计入当月工资薪金征收个人所得税；
而厦门市的税局答复挺有意思：如果是劳动仲裁或法院判决而补发的工资，需更正之前税款所属期的申报。如果不属于，则按正常月薪申报个人所得税。
广东省这边的企业也别为难，可以参考已废止的粤地税发[1999]239号，将补发的工资分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税，就是把补发部分更正到以前月份进行申报。
综上，对这类各地税局操作存在差异的问题，建议企业最终以主管税务机关的口径为准。
参考法规：国家统计局第1号令、《个人所得税法》、财税[2001]157号
法院判决书：
二审：
再审复审：
复议裁定书：
